1、首先，就是它违反了热力学第二定律，即可以使熵减小。但是，我们看到的事实是，熵都是增加的。比如你燃烧煤炭、木头以后，只能形成灰烬和雾霾。而灰烬和雾霾显然是比煤炭和木头更无序的东西！那么按照达尔文的进化论，各种物种在进化的过程中，就是依靠变异不断的将优秀的基因保留下来，最终形成更优秀的物种。比如从古猿到人，就是这样。
2、最广为人知的漏洞是都认为人是由猿类进化而来，但是介于“猿类”与“人类”的中间物种时至今日都没有被发现过，同理，现在所有物种的进化时的中间物种都没有发现。
3、地球的历史上曾经出现两次生物大爆发，一个是“寒武纪生命大爆发”，另一个则是“奥陶纪生命大爆发”，两次生命大爆发为地球带来了多姿多彩的生物世界，但是进化论中所论述的是：古猿化石大约在1400万-800万年前形成，也是人类的始祖。而古猿之后，约400万年，没有任何化石出现，人类进化史突然出现400万年空白。
4、人类祖先突然从地球上消失了400万年后，南猿化石突然出现，这标志着人类进化到了类人猿时期。现代的演化论，从分子生物学上可以解释，从基因上也可以解释，都可以作为证据。如果说达尔文时代的进化论还只是作为一种假说的话，那么现在的演化论就是一整套的科学理论，经得起任何科学性的质疑。